高醫家庭醫學科成立於 1983 年，是全國最早的家醫科，醫院經營版圖遍及醫學中心（高醫）、區域醫院(大同、小港)、地區醫院(旗津、岡山)，體系完整多元。
門診社區訓練
R1 即搭配指導主治醫師，接受門診訓練，診次逐年遞增（R1 一節、R2 兩節、R3 三節）。涵蓋家庭醫學、慢性病預防追蹤、成人檢健、安寧緩和、戒菸、減重、山地醫療(茂林、那瑪夏衛生所)與居家照護。另有屏東高樹鄉衛生所、旗津區衛生所社區訓練各一個月，了解基層公共衛生業務。
各科輪訓
內科有完整師資和優良教學傳統，外科參與一般外科手術及照護，婦產科參與接生、學習產後照護與婦科疾病，兒科一般小兒病房及門診照護。此外必修急診、精神、神經、復健、皮膚、耳鼻喉等專科，亦可選修感興趣之其他專科。
安寧次專
R1 起分擔安寧病房值班，R2 開始第一線照顧住院病人，R3 擔任病房總醫師，負責病房行政工作與全院照會，訓練結束即可參加安寧次專科考試；高醫安寧團隊榮獲 2014 年 SNQ 國家品質標章，著有「我不識放棄你，我是要保護你」、「生命起飛前與你相伴」等書。
老醫次專
住院醫師有一個月的老年醫學訓練，總醫師結束後可選擇一年老醫 fellow 訓練；高醫老醫每年挑選兩名醫師至哈佛老醫BIDMC短期進修。
學術研究
住院醫師需參與主治醫師研究，至家醫學術研討會發表；院區緊鄰醫學院，便於兼顧臨床工作和研究所學業。
